John Kirk er Speciallæge i Gynækologi og Obstetrik, og har siden 2004 udelukkende beskæftiget sig med barnløshedsbehandling, gennem ansættelse ved Fertilitetsklinikken, Århus Universitetshospital, Skejby og ved Maigaard Fertilitetsklinik.
John Kirk har i perioden 2006 til 2009 ledet klinikken sammen med Svend Maigaard. Siden har John Kirk været klinikkens daglige leder frem til 2012, hvorefter klinikken er ledet i et samarbejde med Mathilde Evaldsen.
John Kirk har fra 2015 været medlem af Dansk Fertilitets Selskabs bestyrelse som lægefaglig repræsentant.